Os jogadores podem alternar entre enredos à sua vontade. O que acontece dentro de Bowser afecta o que ele faz no exterior. Por vezes Mario e Luigi têm de resolver puzzles e desafios por detrás da acção para ajudar Bowser a ultrapassar vários obstáculos e a avançar na história.
Os jogadores devem premir os botões no tempo certo para melhorarem o seu desempenho durante as batalhas e os desafios. Em algumas batalhas, Bowser cresce tanto que os jogadores têm de virar a sua consola Nintendo DS ou Nintendo DSi de lado, soprar para o microfone ou tocar no Ecrã Táctil com o stylus para acompanhar a acção.